dimarts, 10 de gener de 2017

Motacilla alba

Recentment he acabat el treball de recerca, el qual ja havia començat com a article científic per al programa Joves i Ciència. Es tracta d'una feina llarga, però els resultats han estat positius, i el fet de treballar en un projecte d'aquesta profunditat m'ha fet aprendre moltíssim.

Representació de l'estudi morfològic
Morphological study representation
Com era d'esperar, he dedicat el TdR als ocells, concretament a la cuereta blanca (Motacilla alba) i les seves subespècies. Es tracta d'un tàxon fortament politípic, especialment en morfologia i distribució. L'article es centra en les diferències entre la cuereta blanca endolada (Motacilla alba yarrellii) i la subespècie europea continental, la Motacilla alba alba. Com que la cuereta endolada sempre ha estat un objecte de controvèrsia, vaig analitzar les diferències entre les dues subespècies, amb l'objectiu de buscar possible suport per a reorganitzar-les taxonòmicament. Concretament, per a determinar si la cuereta endolada es podria considerar una espècie independent. Per a fer-ho, a més de revisar morfologia, ecologia, cant, hàbitat i comportament de les cueretes, vaig estudiar-ne les zones d'hibridació i les migracions. Finalment, vaig analitzar la regió del genoma que serveix com a control a partir de l'ADN mitocondrial, el COI-5P. Es tracta de la regió del genoma utilitzada en els barcodes. Aquesta combinació de taxonomia tradicional i genètica s'anomena taxonomia integrativa, i és el que aporta els millors resultats actualment en taxonomia, ja que combina diversos camps i suma els coneixements.


Després de diversos dies al laboratori de genètica molecular de la Universitat de Barcelona, i finalment d'anàlisi informàtica, vam detectar canvis en algunes posicions concretes del gen, però en estudiar-les, ens vam adonar que es trobaven en la tercera basa del codó, una posició que no els dona valor evolucionari, però que dona suport a la teoria inicial que tenia. Aquesta descriu una situació en què trobem dues espècies diferents però que han sofert especiació simpàtrica recent i per a tant no mostren encara divergències genètiques importants. També hi ha una altra hipòtesis que podria ser recolzada pels resultats, i és la de que les cueretes han estat sempre espècies iguals que mostren diferències polimòrfiques. Aquesta situació també la trobem en els passarells golanegres Carduelis flammea cabaret i Carduelis flammea flammea.

Laboratori // Laboratory
El que vaig trobar d'interessant, també, va ser que el gen COI-5P no mostra prou índex de variació per a treballar entre subespècies i fins i tot espècies, ja que només distingeix entre espècies en fer servir la seqüència de bases nitrogenades. La seqüència de proteïnes, en canvi, no mostra canvis gairebé ni entre la mateixa família d'organismes. Això s'explica perquè la variació que es troba sempre apareix en la tercera posició del triplet, que justament és la que no codifica de la seqüència de bases a proteïnes.  Aquesta variació la vaig trobar en les Motacilla, però encara amb més intensitat en comparar amb altres passeriformes propers a la cuereta com les Anthus i els Emberiza.

 Finalment, com que el COI-5P no sembla mostrar canvis entre subespècies, el que proposaria per a seguir investigant en aquest camp seria trobar gens més concrets que representin les característiques que varien en cada cas d'uns individus que vulguem analitzar a uns altres.

En el cas de la cuereta endolada i la blanca (Motacilla alba yarrellii i Motacilla alba alba), el millor gen a analitzar per a trobar el màxim índex de diferències seria potser un gen relacionat amb la pigmentació.

Tot i això, considero que la genètica no ha de ser la única base la taxonomia, i les dues cueretes clarament ofereixen diferències, sobretot en taxonomia i distribució. Potser el que cal és esperar a que el temps faci aparèixer aquestes possibles divergències al genoma que acabaran de donar suport a una nova taxonomia.

Procés de dibuix en què vaig representar segons l'edat i època de l'any els plomatges de cada una de les dues subespècies per a comparació morfològica.

Process of illustrating the differences according to age and season for both subspecies, which made easier morphological comparison.
Resultats per a una de les subespècies // Results for one of both subspecies

I've just finished my research project, in which I had been working for quite a long time now in concordance with the Joves i Ciència program. It has been a demanding work, but the results have been positive and being able to work on such an interesting project in depth has made me learn much.

As everyone was expecting, I based the paper around birds, more precisely, I worked on the White wagtail (Motacilla alba). The taxon shows polytypic characters, especially in morphology and distribution. This article focuses on the differences between two of the eleven Motacilla alba subspecies: the White wagtail (Motacilla alba alba), which breeds in most of the European continental countries, and the Pied wagtail (Motacilla alba yarrellii), the only breeding M. alba. in the United Kingdom and Ireland. As the Pied wagtail has been object of controversy, causing people to consider it a subspecies of the wider taxon and others to talk about it as an independent species, the aim was to find support for possible taxonomical reorganization of both subspecies. To do so, not only I reviewed data about morphology, ecology, song, habitat and behaviour of both wagtails, but I also considered migratory movements and hybridization areas. Finally, I analysed the mtDNA control region of the COI-5P, and compares sequences from Mot. alb. alba and Mot. alb. yarrellii in order to detect possible differences. This study of both traditional taxonomy target fields such as morphological differences and genetics is called integrative taxonomy, and is what I think offers most reliable results by combining various fields.

After various tests at the  molecular genetics laboratory at the Univeristy of Barcelona and finally a lot of informatic analysis, changes could be detected at some base positions, but by studying them we found out that they were found at the third base of the codon. This gives no evolutionary meaning to the differences, while supporting the following initial theory I had, which describes two initial gene pools (or two different species), which have suffered recent sympatric speciation that has not given enough time for genetic differences to appear. The results also point to another hypothesis, which proposes one single gene pool with polymorphic characters. This situation has also been found in other bird species, such as Lesser (Carduelis flammea cabaret) and Common (Carduelis flammea flammea) redpolls.

Foto de la cuereta blanca endolada (Motacilla alba yarrellii)
feta a Newcastle durant unes estades científiques aquest estiu.

Photo I got of the Pied wagtail (Motacilla alba yarrellii)
during Chemistry program this summer.
What I found which was interesting too was that the COI-5P gene in taxonomy doesn’t show enough variation for working among subspecies, and appears to only be able to recognize species from the nucleotide sequence. In contrast, the protein sequence doesn’t show any or few changes among family. This can be explained by the fact that variation in between populations appears in the third base of the codon, which doesn’t codify for a protein but still represents a change in the nucleotide sequence. This type of variation was found in the Motacilla taxon among the Motacilla alba alba vouchers and in major frequency when comparing between close passerines of the White wagtail such as Anthus and Emberiza.


Finally, as the COI-5P clearly isn’t variable enough to work among subspecies, one future study in the field I propose would be analysing more concrete genes associated with particular characteristics for the targeted subspecies. In the case of the Pied wagtail (Motacilla alba yarrellii) and the White wagtail (Motacilla alba alba), a pigmentation related gene could be studied in order to find possible genetic differences that have been missed here.

Nevertheless, species separation should not be based only in genetics, and empirical data collected in the work shows clear differences between both Wagtails. Perhaps we shall wait for time to act and make these possible genetic divergences that might be there and will give final support to new taxonomical decisions.

dissabte, 26 de novembre de 2016

Aquarelle studies

Bones! Després d'una prou llarga absència, a veure si aquestes aquarel·les ajuden a tornar a arrencar el blog. No només són ocells, ja que la idea era fer diferents textures (plomes, pell...) i colors com el gris i el blanc, que són més complicats, utilitzant només aquarel·la per al color. Aquests són els resultats de les proves!

Heya! I haven't posted for a while, so I'm hoping these sketches will help to make the blog active again. It's not only birds, as the idea was to try different textures (like feathers, skin...) and some tricky colours like white and grey using only watercolours. These are the results!

Dane's blood (Campanula glomerata)

Dofí comú de musell curt / Short-beaked common dolphin (Delphinus delphis)

Mascarell / Northern gannet (Morus bassanus)

(Alguns detalls del Mascarell els vaig acabar amb bolis Copic // Copic brush pens were also used for some detail on the Gannet)


divendres, 1 de gener de 2016

2016 is coming


Aquest 2015 he viscut milers d'experiències noves, moltes de les quals van relacionades amb el birding. I és que com més lluny ho portes, més ganes tens de més.

Aquests últims mesos he estat ocupadíssima redactant un article pel programa Joves i Ciència, però això no ha volgut dir que hagi deixat de banda els ocells. Han començat els anellaments d'hivern, i una bona suma de sortides als Aiguamolls i al Llobregat, a més de a altres punts perduts del mapa, m'han permès afegir a la meva llista espècies que els meus ulls no havien vist mai. Diria que un resum de l'última fotografia, anellament i observació és la millor combinació per tancar aquest any. Aquí us deixo unes quantes de les últimes fotos, que esbossen les meves darreres aventures ornitològiques.

Per aquest 2016 que estrenem i que he començat amb molt bon peu, espero noves sortides amb gent genial, nous indrets on viure aquesta passió i molts, moltíssims ocells. Avui comença de nou el repte d'ampliar la life list i, com sempre, de superar l'any anterior amb una treballada llista de l'any. Les especulacions sobre quines rareses cauran començen ja!

Salut i ocells!



I lived thousands of new experiences this year, many of which were related to birding. I guess that the further you take birding, the more you need.

I've been in a rush writing an article for the program Joves i Ciència these last months, but I haven't forgotten birds at any moment. Winter ringings have started and a good amount of birding days in the PNAE and the Llobregat (in addition to other points lost map) have allowed me to tick some species my eyes had never seen. I think that a summary of some ringing, photography and, mostly, birding is the best combination to end this year. Here you have some of the latest photos!

For 2016, which has started in a fantastic way for me, I hope to meet more amazing birders, to visit new places and to see many, many birds. A new challenge begins today: to extend even more my life list, and, as always, making a good year list. Speculation on what rarities we will get this year start now!

Happy 2016, and even better birding!






dilluns, 24 d’agost de 2015

Resérve Ornithologique du Teich




Aquest agost he tingut la sort de poder anar a la reserva ornitològica du Teich, a França. Es tracta d’una zona d’aiguamolls prop de Bordeus, que acull una gran diversitat d’espècies fins i tot fora l’època de migració. El parc ornitològic era increïblement gran, i contenia una gran diversitat d’hàbitats, cosa que feia que es poguessin veure espècies molt diferents. Els itineraris estaven ben senyalitzats, i hi havia nombrosos aguaits. Em va agradar moltíssim, i vaig veure una bona quantitat d’espècies.

This summer, I’ve been lucky enough to have visited a fantastic ornithological reserve in France, called Réserve Ornithologique du Teich. It’s a big area with wetlands near Bordeaux, where you can get a wide range of species at any time of the year. The park is incredibly big, and there’s a lot of diferent habitat types, so really diferent species can be seen there. The principal path was clear and easy to follow, and there were lots of hides. I really enjoyed going there, and I saw a good number of species!

Vam seguir el recorregut marcat, els primers aguaits del qual estaven dedicats a aiguamolls. Em va sorprendre l’enorme quantitat de tètols cuanegres (Limosa limosa) i gambes, tant rojes (Tringa totanus), pintades (T. erythropus) i verdes (T. nebularia). La proximitat dels ocells em va permetre fer bones fotos, i fins i tot algun dibuix de camp. Durant les primeres hores, vam disfrutar de la presència de tots aquests ocells, a més de valones (Tringa glareola) , morells de plomall (Aythya fuligula), corriols petits (Charadrius dubius), pigres grisos (Pluvialis squatarola) i martinets blancs (Egretta garzetta), com a més representatius. Molts d’ells mostraven els seus preciosos plomatges estivals. 


We followed the marked path, and the first hides were dedicated to wetlands. I was surprised by the enormous quantity of Black-taiked Godwits (Limosa limosa), Greenshanks (Tringa nebularia), and Redshanks: both common (T. totanus) and spotted (T. erythropus). The birds were really close to the hides and I could take pretty good photos and even some field sketches. During the first hours, we enjoyed the presence of these birds, and also Wood sandpipers (Tringa glareola), Tufted ducks (Aythya fuligula), Little ringed plovers (Charadrius dubius), Grey plovers (Pluvialis squatarola) and Little egrets (Egretta garzetta). All these were the most common species, and nearly all of them showed their perfect summer displays.




Al anar avançant al recorregut, torbes els aguaits a llacunes salades, des d’on vaig observar xatracs becllargs (Sterna sanvicensis), corriols camanegres (Charadrius alexandrinus)...a més dels esperats becs d’alena (Recurvirostra avosetta), que no van trigar a aparèixer. Puc dir sense cap dubte que són un dels millors ocells que he vist, i si hi sumes que n’hi havia moltíssims en un paisatge extraordinari a la costa de l’Atlàntic, no cal dir que van ser la meva observació preferida.

As you kept going, you found hides in front of the sea, from where I could see Sandwhich terns (Sterna sanvicensis) and Kentish plovers (Charadrius alexandrinus), between others. I could also see Avocets (Recurvirostra avosetta), the species I’d been waiting for. It’s fair to say that they’re one of the most beautiful and maginficient species I’ve ever seen, and spotting them in a beautiful, atlantic scenery made of them the best observation of the day.

Seguint amb el recorregut, vam trobar estols de desenes de becuts (Numenius arqueta) i becplaners (Platalea leucorodia) i terrrits variants (Calidris alpina) just abans d’entrar a la zona més boscosa, on vam veure xivitones (Actitis hypoleucos), picots i passeriformes diversos.

Next, we found large groups of Curlew (Numenius arqueta), Spoonbills (Platalea leucorodia) and Dunlins (Calidris aplina) just before going to the forest habitat zone, where we saw Common Snadpipers (Actitis hypoleucos), woodpeckers and lots of passerines.

En total, una visita completament increïble, feia moltíssim que no veia tantes espècies i en tant gran nombre. Espero poder tornar aviat a la reserva!


All in all, it was just an incredible visit to the reserve! It had been a while since I had seen such a large number of species and individuals. I hope I can go back there soon!


dimecres, 22 de juliol de 2015

JiC '15 ❥

Ara fa exactament un mes vaig començar una de les millors experiències que he viscut. Va començar el Joves i Ciència 2015.

Vaig arribar al matí a Barcelona, per agafar l'autobús que ens havia de portar al MónNatura Pirineus, a les Planes de Son. Després de 5 hores de viatge, vam arribar al lloc que havia de ser casa nostra per quinze dies. Ens vam presentar, i de seguida ens vam sentir com una gran família. Durant tot el temps que van durar les estades, va ser com allunyar-nos de la resta del món per endinsar-nos a una dimensió diferent, amb un entorn fantàstic, una companyia immillorable i, sobretot, un projecte apassionant.


Dels cinc projectes, jo pertanyia al d'ADN, evolució i biodiversitat. El primer dia ens van presentar els nostres investigadors del CRG, vam preparar el laboratori amb maquinària que encara no coneixíem, i ens vam endinsar en els conceptes bàsics de genètica. Durant la resta de la primera setmana de treball, vam aprendre tot el necessari per poder dur a terme satisfactòriament el projecte de la segona setmana. Ens van parlar de conceptes nous que no havíem sentit mai, i vam discutir temes com les teories d'evolució, la bioètica o els beneficis i problemes que ens porten els organismes genèticament modificats (GMOs). 

Era interessant poder veure els punts de vista diferents i encara millor poder tenir científics experimentats a la nostra disposició per fer preguntes quan volguéssim i resoldre dubtes. Dividíem les hores de treball en classe i laboratori. En aquest segon, equipat de manera totalment professional, vam descobrir tècniques avançades de tractar ADN, com el PCR (Polymerase Chain Reaction) -utilitzat per amplificar mostres en cas de no tenir prou ADN- o la seqüenciació.La feina ens absorbia i sempre acabàvem arribant tard als àpats, però ens era igual, perquè treballar en el que t'agrada no es pot considerar treballar.

Un cop vam tenir après el que calia, vam poder començar la segona etapa del projecte, participar a l'Encyclopedia of Life (EOL). Es tracta d'un projecte internacional que vol recollir el màxim d'informació possible sobre les espècies existents, abans no sigui massa tard. Què vol dir massa tard? Doncs, fins ara, uns 2 milions d'espècies han estat descrites formalment per la ciència. Bé, oi? Doncs no, perquè s'estima que poden existir fins a 50 milions d'espècies. Tot i que cada any es descobreixen unes 10000 espècies noves, també se n'extingeixen moltíssimes. Tantes, que a finals de segle, n'haurem perdut més de mig milió, moltes de les quals mai haurem descobert. Al pujar la nostra investigació a l'EOL, ajudem a la base de dades a abastar més espècies.

Vam contribuir mitjançant el barcoding. Es tracta d'una tècnica en la qual s’analitza l'ADN mitocondrial (mtDNA) dels organismes per crear un codi de barres a partir de la seqüència de bases nitrogenades en el gen COX1. Aquest gen es troba a tots els organismes eucariotes i evoluciona relativament ràpid, fet que fa que sigui fàcil d’estudiar. Tot i ser una tècnica nova, ja té molts usos. Per exemple, permet la ID ràpida de les espècies sense haver de recórrer a la morfologia. Si l’especiació entre espècies és massa recent, però, no veiem diferències genètiques, cosa que pot portar a males identificacions.


Per fer el projecte, vam sortir a recollir mostres. Tot seguit, vam anar al laboratori, i vam extreure l’ADN, vam fer un PCR i vam ampliar la regió del cox1 per poder-la seqüenciar. La seqüenciació es realitza amb la mateixa màquina que el PCR, però té usos diferents. Mentre el PCR ens copia la mostra, la seqüenciació ens permet llegir-la. Vam obtenir resultats molt satisfactoris, i gairebé tothom va poder identificar l'espècie que havien fet servir de mostra. Jo vaig seqüenciar un reietó (Regulus regulus), obtenint un 99.84% de coincidència amb els barcodes que ja hi havia a la base, cosa que fa pensar que potser es tractava d'una subespècie que encara no havia estat entrada. Això és només un petit resum de tot el que englobava el projecte.

Cal afegir que l'ambient era brutal, tots els 50 estudiants compartíem una passió, i al conviure durant 15 dies seguits ens vam unir moltíssim. Com diem sovint, això només ha estat el principi de la nostra amistat! Mai oblidaré les hores de música, les sortides d'exploració a la muntanya, les lluites d'herba al terrat, les bromes internes, les frases èpiques que només els JiC entenem, les discussions ni les paradoxes...Són tantes coses les que em venen al cap que no es poden esmentar totes! Em van encantar la nit de la música, els monòlegs de "The Big Van Theory", la cursa d'orientació i l'excursió al refugi, els jocs de nit i les observacions amb el projecte d'astronomia...era com si cada dia fos millor que l'anterior. Hem viscut moltíssimes coses, i tot quedarà per sempre al meu cor.


(English version to come)

dimecres, 17 de juny de 2015

Joves i Ciència '15

Cada any es porta a terme el Joves i Ciència, una iniciativa de la Fundació La Pedrera, que vol acostar a 50 joves a la recerca científica i acompanyar-los durant els tres estius que dura el projecte. Estic orgullosa de poder dir que vaig passar el procés de selecció i que formaré part de la Generació 2015!!

Ja fa setmanes que sé la notícia, però el passat dissabte vaig començar a viure el que ser del JiC significa. Es va fer l'acte de presentació al Món Sant Benet, on vaig assistir emocionada i amb moltíssimes ganes de començar. Allà, ens van presentar el projecte i ens van parlar sobre una increïble recerca científica relacionada amb les cèl·lules de càncer, a més de donar els diplomes als joves de tercer any. Un d'ells, del grup d'astronomia, va fer una explicació de com havia viscut el projecte, i ens va mencionar que en la seva entrevista personal durant el seu procés de selecció li van fer la següent pregunta: "Perquè t'agrada l'astronomia?". Ens va explicar què va respondre, i ho va fer amb tanta emoció i força que em va fer reviure el meu propi procés de selecció. Els nervis extrems, però també l'esperança i la il·lusió. Però sobretot, em va recordar que a mi també em van fer una pregunta semblant: "Perquè t'agrada la ciència?". Una pregunta tan senzilla, amb una resposta tan difícil. "Que perquè m'agrada la ciència?". Sí, aquesta va ser la meva brillant resposta. No sabia què dir. Però, igual que el noi de tercer any, vaig repensar-m'ho per respondre sincerament. I és que la ciència m'ensenya com funciona el món, la natura més enllà de com l'home l'ha modificat, i la vida. El meu interès ve d'anys enrere, i és una cosa que va més lluny del que ens ensenyen a classe. La ciència és una passió, i hi ha coses que no es poden descriure. Aquesta n'és una.

Però, pensant-hi de nou, el més important de dissabte va ser que vaig conèixer 50 persones a qui també els interessa i apassiona la ciència, i amb qui compartiré aquesta experiència tan especial. Conversar amb els dels altres anys també va ser molt motivador, la seva força és admirable i no vaig poder parar de somriure mentre parlàvem. Tot i que no vaig poder parlar amb absolutament tothom en menys d'una hora que va durar "l'acte de socialització" (tal com en dèiem), des del primer moment vaig connectar amb tots, i sé que les estades que es fan el primer any a Les Planes de Son seran inoblidables. I sí, ara mateix tinc por, por de no estar a l'altura, por de no arribar al tercer any, por de no completar el projecte. Però la il·lusió i les ganes incontrolables de començar són més fortes, i veig tot això com una boníssima oportunitat.

Marxem dilluns, i ja no puc esperar més. Aquesta setmana serà llarga.


Every year, a catalan fundation called "Fundació la Pedrera" holds a science program called "Joves i Ciència", which means literally "Youth and Science". This project has a lenght for three years, and the fifty lucky young scientists of every generation are introduced in the world of scientific research. I'm proud to say I passed the selection process and I'm part of the 2015 Generation!!

It's been a while since I knew that I had been selected, but last saturday I finally started to know personally what being part of the JiC means. The presentation event was hold, and I was extremely thrilled and illusionated. To start the event, we were told how the project works in the first year, and then a fantastic scientific gave us a speech about cancer cells. The students who were chosen in 2013 were given a certificate, and one of them, who was part of the astronomy group, gave a talk about his experience during the program. He told us that, during his personal interview (in the selection process), he was asked why he liked astronomy. He told us what his answer was, and he did it with such strong and deep words that I couldn't help to remember my own interview. The extreme nerves, but also the illusion and motivation it brought to me. But, mostly, I remembered that I was also asked something similar. I was asked why I liked science. Such a simple question, with such a difficult answer. "What?." Yes, that was my brilliant answer. At that moment, I obiously didn't know what to say. But, just like the third-year-boy, I thought about it again, and I decided to be honest. I explained the interviewers that it was something stronger than me, that science teaches me how tha whole world works, how nature works and, basically, how life works. I told them that I had liked science for as long as I could remember, and that it's more like a passion. Some things can't be described. And that's just one of them.


But, thinking about it again, the most important thing that happened last saturday was that I met the rest of my project mates. 50 young and enthusiastic scientists, 50 boys and girls who like the same things I like, who think the way I think. And it was brilliant. I alked with the guys from the 2013/14 generations, and they were such passionate people, that I couldn't stop smiling while talking to them. So although I couldn't meet everyone with less than an hour, I got on really well with all my program mates and I just can't wait to start with the experience. And yes, right now I'm afraid. I'm afraid of not living up to the expectative, I'm afraid of not being able to finish the project. But I'm also incredibly enthusistic and thrilled about this project, which I think is a fantastic opportunity.



We leave for the camps next Monday, and I can wait no more. This week will be long.



(Font / Source: http://jovesiciencia.cat/blog)